1. 研究目的与意义、国内外研究现状（文献综述）
课题的意义：细胞衰老是重要的生物学过程，是个体衰老的基础，并且是一种重要的抗癌机制。
在细胞衰老的过程中，伴随着一系列的生理生化过程，基因的表达也发生着剧烈的变化，包括转录层面的调控以及转录后调控[1]。
而转录过程中，可变剪接和选择性多聚腺苷酸化是重要的调控过程[2]，并且都对细胞衰老产生一定的影响，且随着细胞衰老而变化。
2. 研究的基本内容和问题
研究的目标：系统得出细胞衰老的过程中，可变剪接与选择性多聚腺苷酸化的耦联关系。
而且，后期在挑选与衰老关系密切基因进行验证时，结果与高通量测序结果一致。
研究内容：将小鼠胚胎成纤维细胞（MEF细胞）培养至P6代（衰老状态），通过三代测序，得到样本总RNA全长数据，通过生物信息分析，系统发现细胞衰老过程中，外显子跳跃、内含子保留、选择性启动子和选择性多聚腺苷酸化位点和基因不同亚型表达量的变化随着细胞衰老产生的普遍性变化趋势。
3. 研究的方法与方案
研究方法：细胞分离培养；总RNA的提取；Pacific Biotechnology 公司的Iso-Seq 文库构建及测序（即三代测序）；RT-PCR；普通PCR；Western Blot；β-gal染色；技术路线：培养小鼠胚胎成纤维细胞（MEF细胞）至P6代 → 提取总RNA → 对RNA进行质检 → 建立总RNA文库 → 将文库进行上机测序 → 得到总RNA序列信息 → 进行生物信息分析 → 挑选与细胞衰老关系密切的基因 → 进行qPCR验证 → 得出衰老相关基因选择性剪接与选择性多聚腺苷酸化的耦联关系实验方案：以小鼠胚胎成纤维细胞（MEF细胞）体系为基础，利用三代测序方法，依托Pacific Biotechnology 公司的Iso-Seq 文库构建及测序技术，测出衰老细胞中的总RNA全长，运用生物信息学方法进行数据分析，系统发现RNA的选择性剪接与选择性多聚腺苷酸化的耦联关系。
后期，挑选与衰老关系密切的基因进行qPCR验证其是否与高通量测序结果一致。
可行性分析：（1）理论基础：本实验室根据对前期的细胞衰老相关研究，以及对RNA的可变剪接与选择性多聚腺苷酸化相关研究的总结与思考，初步发现可变剪接和选择性多聚腺苷酸化均与细胞衰老相关，且经查阅文献得知，其在正常生理过程中，两者之间存在某种耦联关系。
4. 研究创新点
特色或创新之处（1）技术前沿：使用前沿的Pacific Biotechnology 公司的Iso-Seq 文库构建及测序技术，打破了传统测序技术中只能将RNA序列打断测序，且只能读取不连续数据的局限，能够观察到转录本各个调控方式在调控同一转录本时的内在关系。
（2）切入点独特：经查阅文献得知，目前尚无衰老细胞中可变剪接与选择性多聚腺苷酸化的耦联关系的报道。
（3）意义非凡：细胞衰老是个体衰老的基础，而且是一种重要的抗癌机制。
5. 研究计划与进展
（1）2016.9-2016.11研究计划：MEF细胞的分离培养，及β-gal染色；预期进展：确定细胞达到衰老状态。
（2）2016.11-2016.12研究计划：MEF细胞的总RNA提取；预期进展：使RNA总量能够达到构建文库所需的量。
（3）2016.12-2017.01研究计划：总RNA文库构建和上机测序；预期进展：得到总RNA全长数据。
